Tahap konsultasi dimulai sejak 24 Maret 1969, berupa konsultasi dengan dewan-dewan kabupaten tentang tata cara Pepera. Pemilihan anggota dewan musyawarah berakhir pada bulan Juni 1969. Sementara, pelaksanaan Pepera dilakukan per kabupaten mulai 14 Juli 1969 hingga 4 Agustus 1969.
Hasil Pepera memperlihatkan suara bulat, masyarakat Irian Barat ingin tetap menjadi bagian dari Republik Indonesia. Hasil Pepera ini dibawa oleh diplomat PBB Ortis Sanz untuk dilaporkan dan disahkan dalam sidang Majelis Umum PBB ke-24. Irian Barat kemudian resmi menjadi provinsi ke-26 Republik Indonesia dengan nama Provinsi Irian Jaya. Pada tanggal 1 Januari 2000, Irian Jaya diganti menjadi Provinsi Papua.
OPERASI MANDALA DAN SOEHARTO
Senang atau tidak, suka atau tidak, Soeharto adalah kekuatan persatuan dan kesatuan NKRI. Catatan dan Dokumen sejarah jelas menyebutkan dan membuktikan bahwa Soeharto mampu memimpin perang. Artinya, fakta itu dapat membantah perkataan beberapa pejuang Indonesia yang mengatakan, bahwa Soeharto hanya duduk manis dalam pertempuran Pembebasan Irian Barat, telah terbantahkan.
Dalam catatan sejarah, Operasi pengembalian Irian Barat adalah operasi kedua bagi Soeharto untuk menjaga tegak kokohnya NKRI setelah peristiwa Serangan Umum 1 Maret 1949. Saat itu, serangan Umum 1 Maret 1949 dilakukan dalam menghadapi Agresi Militer belanda ke II di Yogyakarta.
Apakah ini suatu kebetulan? Sama sekali tidak kebetulan, karena semua yang terjadi pada diri Soeharto berhubungan dengan spiritual kerajaan dan kepemimpinan. Karena kepemimpinan Bangsa Indonesia tidak akan dapat dilepaskan dari pewahyuan dan spiritual kerajaan.