Letkol Soeharto membuat gusar Sultan HB IX karena menolak acara serah terima Kota Yogyakarta dari Belanda ke RI. Dia bahkan membiarkan pasukannya tetap siaga tempur.
Sebelum SU 1 Maret 1949, Letkol Soeharto sudah melancarkan beberapa kali serangan terhadap Belanda. Hal itu terkait dengan Surat Perintah Siasat Panglima Jenderal Besar Soedirman untuk melakukan operasi pertahanan.