Bagi pelanggar Perda tersebut akan diberikan sanksi hukum berupa kurungan ataupun dikenakan sanksi denda bagi pelaku yang melanggar protokol kesehatan.
Khusus untuk insentif tenaga kesehatan (nakes), anggarannya dialokasikan secara bertahap sebesar Rp3,7 triliun dan telah dimasukkan di pagu Bantuan Operasional Kesehatan (BOK).